Su actividad académica e investigativa se ha desarrollado principalmente en la Universidad Nacional de Colombia, en la Universidad de los Andes y en la Universidad Santo Tomás. Además ha sido profesor visitante en varios países: Alemania, Estados Unidos, Puerto Rico, Argentina, Brasil y España.
Sus principales campos de trabajo e investigación son la psicología experimental, historia de la psicología, asuntos sociales. Ha investigado en campos tales como la influencia de las experiencias tempranas en el comportamiento animal, la evolución de la conducta, las pautas de crianza de los niños, el impacto psicológico de la guerra nuclear, los derechos humanos, los efectos del desempleo, los programas de reforzamiento, etc. Una de sus más recientes investigaciones publicadas se refiere a la percepción social de la ciencia y a la psicología de los científicos y se titula La Ciencia y los Científicos, una Perspectiva Psicológica.
Rubén Ardila propuso una teoría integradora de la psicología que denominó Síntesis Experimental del Comportamiento. Su objetivo es lograr un paradigma unificador para la psicología, más allá de las escuelas y de los sistemas psicológicos. No es una propuesta “ecléctica” sino un paradigma derivado del análisis experimental del comportamiento (de ahí su nombre).
